Μετά τη δημοσίευση του ν. 3607/2007 καταργείται από 1ης Απριλίου 2008 το νομικό πρόσωπο του Τ.Π.Ο.Ε.Κ.Ε. και εντάσσεται ως κλάδος στο νομικό πρόσωπο του Ταμείου Προνοίας Δημοσίων Υπαλλήλων (Τ.Π.Δ.Υ.), η λειτουργία του οποίου δεν θα χρηματοδοτείται από την λοιπή υφιστάμενη περιουσία του ΤΠΔΥ.

Κατά την ίδια ημερομηνία τα παρεκκλήσια και εξωκκλήσια του καταργούμενου ΤΠΟΕΚΕ περιέρχονται «στις οικείες Εκκλησιαστικές αρχές» με όλη την περιουσία τους, δύναται όμως ο Υπουργός Απασχόλησης μετά από σχετική γνώμη του Δ.Σ. του ΤΠΔΥ να προβλέψει την παρακράτηση ποσοστού από τα ετήσια έσοδά τους υπέρ του ΤΠΟΕΚΕ. 

Τα ακίνητα του ΤΠΟΕΚΕ (και του ΤΑΚΕ) αποκτώνται κατά τα 2/3 από το Ελληνικό Δημόσιο και κατά το 1/3 από το ΤΠΔΥ. Ο νομοθέτης κατανέμει ρητώς τα έσοδα από την ακίνητη περιουσία, προβλέποντας (παρ. 12 του άρθρου) ότι τα έσοδα από όλα τα ακίνητα περιέρχονται στο Ελληνικό Δημόσιο, ενώ τα έσοδα συγκεκριμένων ακινήτων εισπράττει ο συστηνόμενος Κλάδος Προνοίας Ορθοδόξου Εφημεριακού Κλήρου Ελλάδος του ΤΠΔΥ.

Βλ. εισηγητική έκθεση της τροπολογίας που ψηφίστηκε ως άρθρου δέκατο έβδομο του νόμου 3607/2007 και την έκθεση του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους (σε μορφή pdf)